Puugiründe hooaeg kestab tavaliselt maist oktoobrini. Puukentsefaliidi vastu vaktsineerimist tasub alustada enne aktiivse puugihooaja algust. Praegu tasub vaktsineerima tulla nii neil, kes pole end varem puukentsefaliidi vastu vaktsineerinud, kui ka neil, kel vajalik revaktsineerimine või vaktsineerimiskuur on pooleli jäänud.
Kevade saabudes algab Eestis taas puukide aktiivne hooaeg. Niipea kui temperatuur püsib üle 5–7 kraadi, muutuvad puugid aktiivseks ning koos looduses liikumise sagenemisega suureneb ka oht puukidega levivatesse haigustesse nakatuda.